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菌類は、生態系内および生態系間のエネルギーサイクリングにおいて重要な役割を果たします。菌類は陸上、海洋、淡水環境で見られ、死んだ植物や動物を分解する「分解者」の多様なコミュニティの一部です。菌類の他に、このコミュニティには細菌、線虫などの小さな無脊椎動物、およびカタツムリ、甲虫、ミミズなどの大型無脊椎動物が含まれます。菌類は、有機物を他の分解者が利用できる形に変換し、植物の食物に変換します。
分解
真菌は、水分が存在するあらゆる場所に生息しています。それらは、肉眼では見えない酵母のような単細胞生物として、および「菌糸」と呼ばれる細胞の束で構成されているキノコのような多細胞生物として見つけることができます。特定の生態系でバイオマスの大部分を占めていること。菌類は分解プロセスで非常に重要な役割を果たします。なぜなら、菌類はセルロースやリグニンなどの丈夫な有機物質を分解できるからです。菌類は、複雑な有機化合物を単糖、硝酸塩、リン酸塩などの可溶性栄養素に代謝するために使用される消化酵素を放出します。体内の食物を消化する動物とは異なり、菌類は「体」の外側の食物を消化し、栄養素を細胞に吸収します。
栄養循環
植物は成長のために栄養を必要としますが、不溶性の化合物に閉じ込められているため、土壌や水で自由に利用できることはめったにありません。そのため、植物は分解者に頼って、根に吸収される可溶性栄養素を供給します。たとえば、最も重要な植物栄養素の1つである窒素は、植物に容易に取り込まれないタンパク質に固定されていますが、一部の植物はそうすることが示されています。菌類はタンパク質を代謝し、植物の根が容易に吸収できる硝酸塩などの無機窒素を放出します。淡水環境では、菌類は水に落ちる木材や落葉を分解することにより、川岸の森林から水生生態系へのエネルギーの移動に役立ちます。地上システムでは、菌類は地上から地上にエネルギーを移動し、そこで植物にリサイクルされます。
共生
いくつかの菌類は植物と共生関係を形成します。菌根菌は植物の根に関係しています。菌類は土壌から植物の根への栄養素の移動を促進し、植物から炭素を受け取るため、この関係は相互に有益です。炭素は菌類によって土壌に蓄積されるため、二酸化炭素として放出されません。かつては、植物が菌根菌の唯一の炭素源であると考えられていました。しかし、「機能的生態学」の2008年5月号に掲載された記事は、菌根菌が有機炭素を積極的に分解できるため、以前に考えられていたよりも炭素損失と土壌からの投入に大きな役割を果たすことを明らかにしています。地衣類は共生関係を形成する別のタイプの真菌ですが、シアノバクテリアと同様です。地衣類はバクテリアに避難所を提供し、バクテリアは光合成によって地衣類のエネルギーと炭素を作ります。
食料源
食物源として真菌に部分的または完全に依存している動物はたくさんあります。草食哺乳動物は日和見菌のフィーダーである傾向があり、森でブラウジング中に遭遇すると菌類を食べます。ただし、一部の動物では、真菌が食事の大部分を占めています。例としては、葉の多い食物が入手できない冬の間、食物を木の地衣類に大きく依存しているカリブーや、ほとんど完全に真菌の子実体で構成されているオーストラリアの哺乳類である長い鼻のポトルーがあります。多くの無脊椎動物も日和見的かつ積極的に菌類を食べます。小川の無脊椎動物は、真菌が成長している腐った葉を食べると余分なエネルギーを受け取ります。バナナナメクジは、一般的にキノコや他の菌類を食べているのが観察され、他の食物よりも好むようです。