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主要な種類の細菌は、従来、物理的特徴または異なる種類の染色に対する反応によって分類されていました。分子遺伝学の出現により、細菌の異なるグループのより慎重な分割が可能になりました。多くの科学者は、細菌の古い分類を2つ以上の王国に分割する必要があると考えています。
王国
生物の最高の分類は王国です。細菌はかつてProtistaとして知られる1つの王国に分類されていましたが、多くの科学者は分子遺伝学的証拠に基づいて古い王国を2つの王国に分割すべきだと主張しています。新しい王国は、真のバクテリアである真正細菌、そして古代のバクテリアである古細菌であり、今日では極端な環境で生き延びています。古細菌は非常に明確であるため、ドメインまたはスーパーキングダムとして知られる新しい系統発生区分を示唆するものもいます。それらは独自の3つの王国に分割される可能性があります。 Euryarchaeota、好塩性およびメタン生成細菌;温泉で発見されたコラルカエオタ。
門
古細菌以外の細菌には、系統樹の次の枝である5つの異なる門があります。プロテオバクテリアは植物と共生し、大気からの窒素の固定を助けます。シアノバクテリアは青緑細菌として知られています。真正細菌は伝統的に分類されたグラム陽性菌であり、他の細菌とは異なる層を持つ細胞壁を持っています。スピロヘータはらせん状のコロニーで成長します。クラミジアは細胞内寄生虫です。
従来の分類
細菌は、病原性（病気を引き起こす）または非病原性と説明できます。また、グラム陽性またはグラム陰性と説明することもできます。これは、グラム染色によって染料を吸収するかどうかを指します。グラム陽性菌は外細胞膜を欠いており、ペプチドグリカンによりクリスタルバイオレットで染色できます。グラム陰性菌は細胞外膜を持っていますが、ペプチドグリカンを欠いているため、染色されません。