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あなたが遺伝学の学生なら、遺伝子はしばしば「対立遺伝子」と呼ばれる複数の異なるバージョン（通常は2つ）で出てくること、そしてこれらの対立遺伝子の1つは一般的に他のものより「優勢」であること、後者は「劣性」コピー。誰もがすべての遺伝子に対して2つの対立遺伝子を持ち歩き、各親から1つの対立遺伝子を取得することを知っています。
まとめると、これらの事実は、問題の遺伝子の既知の遺伝子型を持つ親がいる場合、つまり、どの対立遺伝子が寄与できるかを知っている場合、これらの親の子供が持つ可能性を予測するために基本的な数学を使用できることを意味します特定の遺伝子型、および拡張により、任意の子供が特定の表現型を表示する可能性。これは、遺伝的にエンコードされた形質の物理的表現です。
現実には、生殖微生物学は「組換え」と呼ばれる現象のためにこれらの数を断ち切ります。
単純なメンデルの継承
かわいいエイリアンの種では、紫色の髪が黄色い髪よりも支配的であり、これらの対立遺伝子は文字Pとpで表されると仮定します。同様に、フラットヘッド（r）よりもラウンドヘッド（R）が支配的であると仮定します。この情報に基づいて、各親がこれらの両方の特性についてヘテロ接合体であることがわかっている場合、つまり、母親と父親の両方が、髪の色の遺伝子位置（遺伝子座）と頭の両方に1つの優性および1つの劣性対立遺伝子を持っている場合、遺伝子座の形状–各親の遺伝子型はPpRrであり、子孫の可能な遺伝子型はPPRR、PPRr、PPrr、PpRR、PpRr、Pprr、ppRR、ppRr、およびpprrであることがわかります。
Punnett正方形（表示なし。この種の二水素型クロスの例については「参考文献」を参照）は、これらの遺伝子型の比率が1：2：1：2：4：2：1：2：1であり、これが生成されることを示しています9：3：3：1の表現型比。つまり、これらの親によって生産された合計16人の子供ごとに、9人の紫髪の丸頭の赤ちゃんが期待されます。紫髪と平頭の赤ちゃん3人。黄色い髪の丸頭の赤ちゃん3人。そして、黄色い髪の平頭の赤ちゃん1人。これらの比率は、9/16 = 0.563、3 / 16 = 0.188、3 / 16 = 0.188および1/16 = 0.062になります。これらは、100を掛けることでパーセンテージとして表すこともできます。
しかし、自然はこれらの数字に重大なしわをもたらします。このような計算は、これらの対立遺伝子が独立して継承されると仮定していますが、「遺伝子連鎖」の現象はこの仮定を覆します。
遺伝子連鎖：定義
異なる特性のコードを互いに近づける遺伝子は、「組換え」と呼ばれるプロセスのおかげでユニットとして受け継がれる場合があります。このプロセスは、「交配」と呼ばれる遺伝物質の交換の一部として有性生殖中に発生します。遺伝子のペアでこれが起こる可能性は、遺伝子が染色体上で物理的にどれだけ近くにあるかに関連しています。
皆が別のことをして外にいるときにあなたの町で起こっている小さな暴風雨を考えてください。あなたが雨に巻き込まれた場合、ランダムに選択された友人も浸された人の中にいる可能性は何ですか？明らかに、これは選択された友人がどの程度あなたに近いかに依存します。遺伝子連鎖は、同じ基本原則に従って機能します。
再結合頻度
遺伝子上で2つの対立遺伝子が生殖データのみを使用してどれだけ接近しているかを判断するため、つまり遺伝子マッピングの問題を解決するために、科学者は子孫集団の予測表現型比と実際の比の違いを調べます。これは、「ジハイブリッド」親と、両方の劣性形質を示す子孫とを交配することによって行われます。エイリアンリンケージバイオロジーの場合、これは紫髪の丸いエイリアン（ジハイブリッド生物の場合は遺伝子型PpRrを持っている）を、このような交配の最も可能性の低い産物-黄色-髪の毛、平らなエイリアン（pprr）。
これにより、1,000人の子孫について次のデータが得られるとします。
リンケージマッピングの問題を解決する鍵は、どちらの親とも表現型が同じ子孫が組換え子孫であることを認識することです。この場合、紫髪の丸頭の子孫と黄色髪の平頭の子孫です。これにより、組換え頻度の計算が可能になります。これは、単に組換え子孫を全子孫で割ったものです。
(102 + 98) ÷ (102 + 396 + 404 + 98) = 0.20
遺伝学者は、対応する割合を計算して、「センチモルガン」またはcMの単位を持つ遺伝的連鎖の程度を割り当てます。この場合、値は100の0.20倍、つまり20％です。数値が大きいほど、遺伝子は物理的に密接に関連しています。