触媒効率の計算方法

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著者: John Stephens
作成日: 25 1月 2021
更新日: 8 5月 2024
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酵素は生体系のタンパク質であり、酵素の助けを借りない場合よりもはるかにゆっくりと起こる反応に沿って加速します。そのため、それらは一種の触媒です。他の非生物学的触媒は、産業および他の場所で役割を果たします(例えば、化学触媒はガソリンの燃焼を助け、ガスエンジンの性能を高めます)。しかし、酵素は触媒作用のメカニズムが独特です。それらは、反応物(化学反応の入力)または生成物(出力)のエネルギー状態を変更することなく、反応の活性化エネルギーを下げることによって機能します。代わりに、製品の形で「リターン」を受け取るために「投資」する必要があるエネルギーの量を減らすことにより、反応物から製品へのスムーズなパスを作成します。

酵素の役割と、これらの天然に存在するタンパク質の多くが人間の治療用途に採用されているという事実を考えると(1つの例はラクターゼであり、何百万もの人体が生成できない乳糖の消化を助ける酵素)、生物学者が、与えられた既知の条件下で特定の酵素がどの程度うまく機能するかを評価するための正式なツールを考案したこと、つまり触媒効率を決定したことは驚くことではありません。

酵素の基礎

酵素の重要な属性は、その特異性です。酵素は、一般的に言えば、常に人間の体内で展開される数百の生化学的代謝反応のうちの1つのみを触媒する働きをします。したがって、特定の酵素はロックと考えることができ、基質と呼ばれる特定の酵素が作用する特定の化合物をキーに例えることができます。基質が相互作用する酵素の部分は、酵素の活性部位として知られています。

酵素は、すべてのタンパク質と同様に、アミノ酸の長い文字列で構成されており、人間のシステムには約20個あります。したがって、酵素の活性部位は通常、アミノ酸残基、またはプロトンまたは他の原子を「欠く」可能性があり、結果として正味の電荷を運ぶ可能性のある特定のアミノ酸の化学的に不完全なチャンクで構成されます。

酵素は、決定的に、それらが触媒する反応で変化しない-少なくとも反応が終わった後は変わらない。しかし、それらは反応自体の間に一時的な変化を受けます。これは、手元の反応を進めるのに必要な機能です。鍵と鍵の類似性をさらに高めるために、基質が特定の反応に必要な酵素を「発見」し、酵素の活性部位に結合すると(「鍵挿入」)、酵素-基質複合体が変化します(「鍵回転」 ")その結果、新たに形成された製品がリリースされます。

酵素反応速度論

特定の反応における基質、酵素、および生成物の相互作用は、次のように表すことができます。

E + S⇌ES→E + P

ここに、 E 酵素を表し、 S 基質であり、 P 製品です。したがって、プロセスは、モデリングクレイの塊に大まかに似ていると想定できます(S)完全に形成されたボウルになる(P)人間の職人の影響下(E)。職人の手は、この人が体現する「酵素」の活性部位と考えることができます。ひとまとまりの粘土が人の手に「結合」すると、彼らはしばらくの間「複合体」を形成し、その間、粘土はそれが結合された手の作用によって異なる所定の形状に成形されます(ES)。次に、ボウルが完全に形づくられ、それ以上の作業が必要なくなったら、手(E)ボウルを放します(P)、プロセスは完了しました。

次に、上の図の矢印について考えてみましょう。間のステップに気付くでしょう E + S そして ES 矢印が両方向に移動し、酵素と基質が結合して酵素基質複合体を形成できるように、この複合体は他の方向に解離して酵素とその基質を元の形で放出できることを意味します

間の一方向矢印 ES そして P、一方で、製品が P 生成に関与する酵素と自然に結合することはありません。これは、前述の酵素の特異性に照らして理にかなっています:酵素が特定の基質に結合する場合、結果の産物にも結合しないか、その酵素は2つの基質に特異的であり、したがってまったく特異的ではありません。また、常識の観点から、特定の酵素が特定の反応をより有利に機能させることは意味がありません。 両方 行き方;これは、上り坂も下り坂も同じように簡単に転がる車のようなものです。

レート定数

前のセクションの一般的な反応は、次の3つの異なる競合反応の合計と考えてください。

1); E + S→ES 2); ES→E + S 3); ES→E + P

これらの個々の反応にはそれぞれ独自の速度定数があり、特定の反応がどれだけ速く進行するかの尺度です。これらの定数は特定の反応に固有のものであり、さまざまな基質と酵素および酵素と基質の複合体と製品のグループの過多について実験的に決定および検証されています。それらはさまざまな方法で記述できますが、一般に、上記の反応1)の速度定数は次のように表されます。 k1、2)の k-1、および3)の k2 (これは時々書かれています kネコ).

ミカエリス定数と酵素効率

続く方程式のいくつかを導き出すのに必要な計算に飛び込むことなく、おそらく製品が蓄積する速度、 vは、この反応の速度定数の関数です。 k2、およびの集中 ES として表される。速度定数が高く、基質と酵素の複合体が多く存在するほど、反応の最終生成物が急速に蓄積します。したがって:

v = k_2

ただし、製品を作成する反応以外の2つの反応を思い出してください P 同時に発生しています。これらの一つは、の形成です ES そのコンポーネントから E そして S、もう一方は同じ反応です。このすべての情報をまとめて、そしてその形成速度が ES 消失率に等しくなければならない(2つの反対プロセスによる)

k_1 = k_2 + k _ {-1}

両方の用語を k1 利回り

= {(k_2 + k _ {-1}) above {1pt} k_1}

すべての「k"この方程式の用語は定数であり、1つの定数に結合できます。 KM:

K_M = {(k_2 + k _ {-1}) above {1pt} k_1}

これにより、上記の方程式を書くことができます

= K_M

KM ミカエリス定数として知られています。これは、未結合になることと形成される新しい生成物の組み合わせにより、酵素-基質複合体がどれほど速く消失するかの尺度とみなすことができる。

製品形成の速度の式に戻ると、 v = k2、置換は以下を与えます:

v = Bigg({k_2 above {1pt} K_M} Bigg)

括弧内の式、 k2/KMは、特異性定数として知られています。この厄介な代数のすべての後、最終的に、特定の反応の触媒効率または酵素効率を評価する式が得られます。次のように再配置することにより、酵素の濃度、基質の濃度、および生成物の生成速度から定数を直接計算できます。

Bigg({k_2 above {1pt} K_M} Bigg)= {v above {1pt}}