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微生物の列挙方法は4つのカテゴリに分類できます。直接的な方法では微生物を数え、間接的な方法では推定を行います。実行可能なメソッドは、代謝的にアクティブな細胞のみをカウントしますが、合計カウントには死細胞と不活性細胞が含まれます。
直接/実行可能
直接/実行可能な方法には、標準的なプレートカウントが含まれ、サンプルの繰り返し希釈がカウントされ、元のサンプルのカウントが計算されます。
間接的/実行可能
MPN（最も可能性の高い数）などの間接的/実行可能な方法では、成長パターンに基づいて微生物数に関する統計的推論を行います。
直接/合計
微生物は、蛍光染色と染料の助けを借りて数えられ、蛍光顕微鏡の助けを借りて微生物を目に見えるようにします。
間接/合計
分光法は間接的/全体的な列挙の形式であり、分光光度計によって培養物を通過した光の量に基づいて微生物の量を推定することを伴います。