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細胞の遺伝的青色は、その遺伝物質またはDNA内にエンコードされます。 DNAが細胞の核を離れることはないため、この情報が他のタンパク質や生化学成分が存在する細胞質に到達するためには、まずDNAをメッセンジャーRNA（mRNAまたはポリ（A）RNA）に転写する必要があります。このmRNAは、細胞の多くの機能を実行するタンパク質に翻訳されます。非常にまれなmRNAを検出または定量するには、マイクロアレイ用のプローブを作成するか、相補的なDNA分子のライブラリーを構築します。mRNAは分離する必要があります。ただし、トータルRNA（細胞内のすべてのRNA）の抽出とその後のmRNAの分離は、相互に排他的なプロセスではありません。 mRNAを抽出するには、前者を実行する必要があります。
Total RNAからのmRNAの分離
TRIzolホモジナイゼーション：全RNAには、すべてのmRNA、トランスファーRNA、リボソームRNA、およびその他の非コードRNAが含まれます。これらを他の細胞成分から分離するために、細胞は最初に破裂して内容物を放出します。これは、TRIzol Reagent（Life Technologies）での遠心分離（高速回転）でペレット化した細胞を再懸濁することにより行われます。 TRIzolの他のバージョン（AmbionのTRI Reagentなど）も同様に機能します。
トータルRNA分離：一連の遠心分離を使用して、細胞のさまざまな成分（タンパク質、DNA、RNA）を懸濁液内の層または相に分離します。上部の黄色の相は脂肪で構成されており、廃棄できます。目的の相は赤く着色され、トータルRNAが含まれ、保持されています。フェノール-クロロホルム抽出およびイソプロパノールとエタノールを使用した一連のアルコール洗浄を実行した後、RNAをペレット化してmRNAを分離できます。 RNase阻害剤を添加して、この酵素がトータルRNAを分解するのを防ぎます。
mRNA抽出：自家製の実験室プロトコルでは大量の高度に精製されたmRNAは生成されないため、キットを使用してmRNAを分離するのが一般的です。市販のキットには、InvitrogenのFastTrack 2.0またはAmbionのPoly（A）Pure mRNA Isolation Kitが含まれています。これらの基本的な手順は、このようなキットに共通です：
a）キットに含まれるRNase阻害溶解バッファーを最大300マイクロリットルのトータルRNAと混合します。
b）摂氏65度で5分間加熱し、すぐにサンプルを氷上で1分間冷却します。
c）これを0.5M塩化ナトリウムと混合し、このサンプルにOligo dT（オリゴデオキシチミジル酸）を完全に溶解します。
d）このサンプルを遠心分離し、上清を回収します。上清は、キットに含まれる一連の結合バッファーおよび低塩バッファーで数回洗浄されます。
e）キットで指定された容量（例：500マイクロリットル）が得られるまで、mRNAを数回溶出します。
f）酢酸ナトリウムとエタノール沈殿により溶出液を沈殿させます。最大20マイクロリットルのジエチルピロカーボネート（DEPC）処理水で再懸濁します。
g）-80℃で保存し、分光測光法により品質と量を確認します。