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インディアナには、湿地、森林、水生生態系など、いくつかの生態系が存在します。人間はハイキングやサイクリングのトレイルでインディアナの生態系の自然の美しさを楽しむことができます。しかし、インディアナ州の野生生物の種と植物は、生き残るために州の生態系を保存する必要があります。インディアナ州は、フージャー国有林などの森林を保護し、大学に生態系保全プログラムを導入することにより、自然の生態系の寿命を確保するための対策を講じてきました。
湿地
沼地、沼地、湿地など多くの種類の湿地がありますが、これらの地域には共通の特徴があります。湿地帯の表面は通常水です。湿地は、主に湖や川などの主要な水源の近くにあります。フージャー州の湿地帯の例には、州の南西部にあるウォバシュ川とパトカ川を囲む地域が含まれます。これらのタイプの生態系には、多くの鳥や爬虫類が生息しています。インディアナ大学-パーデュー大学インディアナポリスの調査によると、インディアナ州の表面積のわずか3 1/2パーセントが湿地です。 19世紀に24％を占めるインディアナ州の元の湿地の多くは、排水と高速道路の建設により失われました。
森
森林生態系は、樹木が密生している地域として定義されています。インディアナ州天然資源省によると、インディアナ州には400万エーカー以上の森林地帯（州の表面積の約20％）とほぼ同じ量の耕作された森林地帯があり、そのうち約87％は私有財産です。州には、ハイキング、ピクニック、サイクリングなどのレクリエーション活動を楽しめる公共の州立森林がいくつかあります。インディアナ州の森林には、フージャー国立森林公園とブラウン郡州立公園が含まれます。インディアナ州の森林のほとんどは、オークとヒッコリーまたはアッシュ、ニレとハコヤナギの木で構成される広葉樹林と考えられています。森林には、多くの哺乳類、鳥類、爬虫類が生息しています。
水生生態系
水域内で水生生態系が繁栄します。インディアナ州の主要な水生生態系は、インディアナ州北部に位置するミシガン湖の沿岸地域です。インディアナの水生生態系はすべて淡水域です。インディアナの水生生態系には、魚、両生類、昆虫などの野生生物が生息しています。オークサバンナなどのインディアナ州の原木は、近くの水生生態系から多くの水を得ています。水生生態系の恩恵を受ける野生生物や植物が生息するインディアナ州最大のレクリエーションエリアの1つは、インディアナデューンズ国定湖岸です。インディアナ州の水生生態系を持つ他の湖や川には、モンロー湖、ウォバシュ川、グランドレイクセントメアリーズがあります。