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ウエスタンブロッティングは、生化学研究室で最も一般的な手順の1つです。基本的に、サイズからサンプルからタンパク質を分離し、抗体を使用して特定のタンパク質が存在するかどうかを判断します。研究だけでなく、医療または診断ラボでも役立ちます。たとえば、HIV疾患とライム病の両方の検査には、酵素結合免疫吸着検定法（ELISA）検査が含まれ、ELISA検査で陽性の場合はウエスタンブロットが続きます。しかし、その人気にもかかわらず、ウェスタンブロッティングにはいくつかの欠点があります。
非定量的
古典的なウエスタンブロットは非定量的です。つまり、特定のタンパク質が存在するかどうかを研究者に伝えることはできますが、タンパク質の量を定量化することはできません。一部のバイオテクノロジー企業は現在、標準曲線を使用して存在するタンパク質の量を研究者または実験室の技術者が定量化できるキットを販売していますが、これは同じタンパク質の純粋なサンプルが利用可能な場合にのみ機能します。さらに、タンパク質の分子量は、質量分析のように正確に決定されるのではなく、ウエスタンブロット法でのみ推定できます。
抗体
ウエスタンブロットは、目的のタンパク質に対する一次抗体が利用可能な場合にのみ実行できます。多くの異なるタンパク質に対する抗体はバイオテクノロジー企業から入手できますが、安価ではありません。特定のタンパク質に対して一次抗体が利用できない場合、その特定のタンパク質を探してウエスタンブロットを実行することはできません。さらに、研究者は、タンパク質が何らかの方法で修飾されているかどうかを判断したい場合があります-リン酸化されている場合（リン酸基が結合している場合など）、およびウェスタンブロット技術では、修飾された抗体が必要ですタンパク質。
トレーニング
ウエスタンブロットを適切に実行し、良好な結果を得るのは困難な場合があるため、スタッフは十分なトレーニングを受ける必要があります。他の多くの場合と同様に、これはおそらく経験が最高の家庭教師です。ただし、経験豊富な技術者であっても、ウエスタンブロットには時間がかかります。たとえば、実験のゲル電気泳動部分の実行には、通常1〜2時間かかります。もちろん、ゲルの実行中に他のタスクを実行することもできますが、結果を得るにはまだかなり時間がかかります。
その他の制限
抗体は、ターゲットから外れた結合を示すことがあり、結果が悪くなる場合があります。さらに、ウェスタンブロッティングでは、特定のタンパク質に対する抗体を使用するため、結果はそのタンパク質が存在するかどうかのみを示します。対照的に、高解像度質量分析法は、サンプルに存在するすべてのタンパク質を明らかにし、従来のウエスタンブロット法とは異なり、定量的です。もちろん、質量分析はウェスタンブロッティングと比較してはるかに高価であり、使用するのが技術的に難しいことを覚えておくことが重要です。